La Red Natura 2000 fue creada por la Directiva 92/43/CEE del Consejo, de 21 de mayo de 1992, relativa a la Conservación de los Hábitats Naturales y de la Flora y Fauna Silvestre. Es una herramienta importante de la Unión Europea en materia de Medio Ambiente para la protección de la biodiversidad europea. La Red Natura 2000 está formada por las Zonas de Especial Conservación (Z.E.C.) creados por la directiva de hábitats, añadiendo las Zonas de Especial Protección para las Aves (Z.E.P.A.) y los Lugares de Importancia Comunitaria (L.I.C.). Las Comunidades Autónomas son las que se encargan de realizar las propuestas de L.I.C. y Z.E.P.A. El Alto Pirineo conserva interesantes hábitats y especies de interés comunitario que han de ser preservados. Destacan las turberas que aparecen en el Valle de Tena, Río Aragón y Benasque, especies que son escasas de algunas tipologías de plantas y los prados de siega por toda la cadena montañosa, el resultado de muchos años de actividad pastoral. También son importantes los bosques de hayas, pino negro, abetos y quejicos poblados por fauna autóctona amenazada como es el caso del urogallo.
Las cuencas de los ríos también tienen hábitats muy diversos que han de ser conservados.
Z.E.P.A. en el Pirineo Aragonés:
Z.E.P.A. Los Valles Occidentales
Z.E.P.A. Collarada – Ibón de Ip
Z.E.P.A. Salvatierra – Foces de Fago y Biniés – Barranco del Infierno
Z.E.P.A. Sierras de Leyre y Orba (Salvatierra de Escá)
Z.E.P.A. Sotos del Río Aragón
Z.E.P.A. San Juan de la Peña y Monte Oroel
Z.E.P.A. Sierra y Cañones de Guara
Z.E.P.A. Ordesa y Monte Perdido
Z.E.P.A. Posets Maladeta
Z.E.P.A. Viñamala
Z.E.P.A. Alto Cinca
Z.E.P.A. Cotiella – Sierra Ferrera
Z.E.P.A. El Turbón y Sierra de Asís
Z.E.P.A. Sierra de Canciás – Silves
L.I.C. en el Pirineo Aragonés:
L.I.C. Los Valles Occidentales
L.I.C. Los Valles - Sur
L.I.C. Cuevas de Villanúa
L.I.C. Curso Alto del Río Aragón
L.I.C. Río Gas L.I.C. San Juan de la Peña y Monte Oroel
L.I.C. Río Aragón (Jaca)
L.I.C. Río Aragón – La Canal de Berdún
L.I.C. Río Veral
L.I.C. San Juan de la Peña
L.I.C. Foz de Salvatierra
L.I.C. Sierras de Leyre y Orba
L.I.C. Sierras de Los Valles (Aísa y Borau)
L.I.C. Foz de Biniés
L.I.C. Pico y Tuberas del Anayet
L.I.C. Collarada y Canal de Ip
L.I.C. Garcipollera y Selva de Villanúa
L.I.C. Río Aurín L.I.C. Telera - Acumuer
L.I.C. Foz de Escarrilla - Cucuraza
L.I.C. Monte Pacino
L.I.C. Cabecera del Río Aguas Limpias
L.I.C. Puertos de Panticosa, Bramatuero y Brazatos
L.I.C. Tendeñera
L.I.C. Puerto de Otal - Cotefablo
L.I.C. Sobrepuerto
L.I.C. Río Gállego (Ribera de Biescas)
L.I.C. Bujaruelo – Garganta de los Navarros
L.I.C. Río Ara
L.I.C. Río Ara (Valle de Broto)
L.I.C. Ordesa – Monte Perdido
L.I.C. Cueva de los Moros
L.I.C. Río Cinca (Valle Pineta)
L.I.C. Cuenca del Río Yesa
L.I.C. Cuenca del Río Aires
L.I.C. Santa María de Ascaso
L.I.C. Silves
L.I.C. Sierra y Cañones de Guara
L.I.C. Guara Norte
L.I.C. La Guarguera
L.I.C.. Turberas del Macizo de los Infiernos
L.I.C. Turberas de Acumuer
L.I.C. Alto Valle del Cinca
L.I.C. Sierra de Arro
L.I.C. Sierra Ferrera
L.I.C. Macizo de Cotiella
L.I.C. Chistau
L.I.C. Posets Maladeta
L.I.C. Río Ésera
L.I.C. Sierra de Chía – Congosto de Seira
L.I.C. Congosto de Ventamillo
L.I.C. El Turbón
L.I.C. Sierra de Esdolomada y Morrones de Güel
L.I.C. Río Isábena
L.I.C. Garganta de Obarra
L.I.C. Congosto de Sopeira
L.I.C. Sierra del Congosto de Languarres
L.I.C. Sierra de Mongay
L.I.C. Lagunas de Estaña
L.I.C. Congosto de Olvena
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L.I.C. Congosto del Ventamillo
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Z.E.P.A. el Turbón
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L.I.C. Valle de la Garcipollera
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L.I.C. Río Isábena
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