Siglos XI-XII (Construcción). Cubierto por la enorme roca que le da nombre, el conjunto, que abarca una amplia cronología que se inicia en el siglo X y que podría tener su origen en un antiguo eremitorio se encuentra en un paraje de singular belleza. El interior alberga lugares de gran interés como la iglesia prerrománica, las pinturas de San Cosme y San Damián (siglo XII), la iglesia superior consagrada en el siglo XI o la capilla de San Victorián de estilo gótico. Pero sin lugar a dudas, en todo el conjunto sobresale su magnífico claustro románico. Al abrigo de la roca o peña, ya su ubicación es de por si singular y extraordinaria, tal vez única en el mundo, a lo que hay que añadir la riqueza y perfección de sus capiteles, obra de dos talleres diferentes.
La iglesia superior, construida sobre el primitivo templo mozárabe, consta de tres ábsides excavados directamente bajo la roca constituyendo la cabecera del templo. El templo mozárabe, debajo, hace las funciones de cripta. Una serie de arcos de medio punto ciegos sustentados en columnas recorre los muros de los ábsides. En la parte superior de estos arcos y a modo de cenefa aparece el ajedrezado jaqués como motivo decorativo. La construcción de esta iglesia tuvo que ser difícil y fue necesario un gran ingenio por parte de los que la erigieron por tener que horadar directamente la roca viva con los medios existentes en el siglo XI. La iglesia de nave única se comunica con el claustro a través de una puerta mozárabe con arco de herradura, transplantada posiblemente del templo primitivo.
El claustro, la obra más emblemática del monasterio. Sus capiteles muestran escenas bíblicas donde aparecen entre otras el Anuncio a los pastores, la Natividad, la Anunciación, la Epifanía, el Bautismo y la Circuncisión de Jesús, la Última Cena, episodios sobre Caín y Abel, la Creación de Adán y Eva, así como su Reprobación y posterior condena al trabajo. El programa iconográfico que plantean los 26 capiteles conservados parece enfocar la Salvación a través de la Fe escogiendo los episodios más significativos para ello. Se trabaja con bajorrelieves casi todos dominados por un horror vacui muy acentuado que provoca contorsiones en algunas figuras que superan el propio marco sacando un brazo como en la escena de Jesús y los Apóstoles. Los gestos son exagerados, casi teatrales, acentuando los ojos y la boca, y confiriendo narratividad a las escenas. En cuanto a las formas, éstas se someten a esquemas geométricos que dominan desde la configuración del rostro o los pliegues de los paños, hasta los movimientos de caballos o de la misma agua que se vierte de un jarro a otro.
Se recomienda visitar con tranquilidad y sosiego estas joyas del románico que llevan ya ocho siglos instruyendo y admirando a quien las contempla.