Situado junto al barranco de Gorgol, Saqués surgió y creció como un núcleo de paso de la ruta transhumante que bajaba desde lo alto del valle de Tena.
La vida de sus vecinos y del mismo pueblo se vio alterada en 1969, año en el que el lugar fue expropiado para ser inundado por las aguas del embalse de Búbal que se estaba construyendo en aquel momento. Desgraciadamente, una historia muy repetida en el Pirineo.
Sus habitantes se vieron obligados a emigrar a pueblos cercanos o a las ciudades. La organización de diferentes campos de trabajo por parte de Cruz Roja, a la fue cedido el pueblo en 1989, ha permitido restaurar y mantener alguno de sus edificios como la iglesia y salvarlos de la ruina.
Recientemente, los antiguos vecinos tras largos años de litigio con la Confederación Hidrográfica del Ebro han conseguido que les sean devueltos sus propiedades y derechos convirtiéndose otra vez en sus legítimos propietarios. Posiblemente, dentro de muy poco sus calles recuperarán la vida que tal vez nunca debieron perder.